Além dos habeas corpus, outras classes também já são processadas em meio eletrônico no tribunal quando o processo originário tramita no e-Proc v2: agravo de instrumento (inclusive contra decisão denegatória de recurso especial ou extraordinário), apelação cível e criminal, recurso criminal em sentido estrito, reexame necessário cível e criminal, suspensão de execução de sentença e suspensão de liminar ou antecipação de tutela.
Desde 1º de agosto, processos que tramitam em meio físico na Justiça Federal da 4ª Região e que são remetidos ao TRF4 em razão de recurso em sentido estrito, apelação ou reexame necessário cível e criminal, são digitalizados e passam a tramitar exclusivamente no e-Proc v2.
Fonte: http://www.investidura.com.br/ultimas-noticias/247-trf4/172922-processo-eletronico--habeas-corpus-comecam-a-ser-eletronicos.html